Bei normalen Meetings werden die Daten verschlüsselt übertragen, so dass sie auf dem Transport nicht gelesen werden können. Auf den Zoom-Servern liegen die Daten für weitere Verarbeitungsschritte aber unverschlüsselt vor und könnten dort von Beschäftigten der Firma Zoom mitgeschnitten werden.

Seit Ende Oktober 2020 ist eine sogenannte Ende-zu-Ende Verschlüsselung möglich. Hier ist der Schlüssel nur den Teilnehmern bekannt und somit kein kein anderer die Daten mitlesen. Ein Moderator/eine Moderatorin kann bei der Planung eines Meetings bestimmen, ob die Ende-zu-Edne-Veschlüsselung genutzt werden soll.
Diese Funktion ist noch als technische Vorschau (technical preview) gekennzeichnet. Sie kann wird als produktionsreif angesehen und kann schon genutzt werden, jedoch kann es zukünftig noch Änderungen geben.